W wiekach XVI i XVII Bartoszyce stały się dość prężnym ośrodkiem kultury umysłowej. Szkołę parafialną, założoną w 1377 roku, po zwycięstwie Reformacji przekształcono w tak zwaną "szkołę łacińską".

Dowiadujemy się o niej z tzw. bartoszyckiej ordynacji szkolnej, wydanej w 1621 roku. Pierwszeństwo w niej miała łacina. Ordynacja powoływała się na myśl i wskazania Sokratesa, Platona i Erazma z Rotterdamu. Głównie jednak wykorzystywana była wiedza, zawarta w dziełach czterech ewangelistów.

Szkoła w Bartoszycach cieszyła się opinią jednego z najprzedniejszych zakładów nauczania w Prusach Książęcych. Jej uczniem był Mateusz Waisselius, autor dzieła "Chronica alter preusscher effendischer und kurlandischer Historien", wydanego w Królewcu. Było to pierwsze dzieło historyczne o walorach naukowych na temat tych ziem.

Innym uczniem tej szkoły był Rajnhold Conditt, później zasiadający we władzach miejskich Królewca, autor dzieła "Speculum fidei politicae".

Jednak najbardziej znakomitym uczniem bartoszyckiej szkoły był Krzysztof Hartknoch, który po jej ukończeniu zapisał się na Uniwersytet Królewiecki. Najważniejsze z jego prac to: "Respublika Polonica", "Alt und Neus Preussen", "Preussischen Kirchenhistoria". Wszystkie jego dzieła to kopalnia wiedzy o codzienności i historii tej krainy.

Władze miejskie starannie dobierały nauczycieli dla szkoły, jak również dyrektorów. Takim, znakomitym dyrektorem był Mikołaj Harder, który walnie przyczynił się do rozwoju bartoszyckiej szkoły. Za jego rządów liczba uczniów osiągnęła cyfrę 200.

Nadzór nad szkołą sprawował pastor. O ten urząd ubiegali się nawet profesorowie Królewieckiej Albertiny. Język polski był w tych wiekach mową znacznej części ludności miasta i wykładano go w szkole.

W połowie XVI wieku uznano za konieczne, by jeden z księży w Bartoszycach był Polakiem. Drukowano po polsku katechizm i śpiewniki do użytku ludności polskiej. Urząd polskiego kapłana był osadzany aż do XIX wieku. W połowie XVIII wieku, wraz z ogólnym regresem ekonomicznym miasta, bartoszycka szkoła zaczęła chylić się ku upadkowi.

Mężem opatrznościowym dla ówczesnej bartoszyckiej oświaty okazał się dowódca, stacjonującego w Bartoszycach garnizonu wojskowego, generał-major, hrabia zu Anhalt, spokrewniony zresztą z samą carycą Katarzyną II. Z jego inicjatywy zaczęto gromadzić środki na nowy obiekt szkolny. Hrabia Fryderyk zu Anhald przebywał w Bartoszycach w latach 1768-1776.

W połowie XVIII wieku, wraz z ogólnym regresem ekonomicznym, jaki panował w Prusach i w mieście, bartoszycka, świetna dotąd szkoła, zaczęła chylić się ku upadkowi. W roku 1744 budynek szkolny groził ruiną. Ówczesne władze miasta nie zabiegały o jego remont, bądź budowę nowego obiektu, gdyż żywiły przekonanie, że Bartoszycom nie jest potrzebna szkoła na wyższym poziomie, przygotowująca do studiów na Uniwersytecie.

Los zrządził, że w Bartoszycach przebywał właśnie hrabia Fryderyk zu Anhalt, człowiek światły, z ambicjami, uważający się za ucznia Voltera.

Biedniejące społeczeństwo nie mogło samo udźwignąć tak dużego wydatku na budowę nowego obiektu szkolnego, aby zdobyć potrzebne środki, hrabia zu Anhalt wymyślił sprytną mistyfikację z kamiennymi babami, które były pozostałością z bytowania na tych ziemiach dawnych Prusów.

Kazał on miejscowemu kowalowi Uformować z niekształtnej głowy kamiennej figury coś w rodzaju biskupiej mitry oraz wyryć na posągu hebrajskie i greckie napisy. Wszystko to posłużyło mu do reklamowania kamiennego posągu, jako figury apostoła, rzekomego założyciela Bartoszyc.

Drugi kamienny posąg wg F. zu Anhalta miał być znaną z kronik pruską księżniczką Gustebaldą, którą hrabia nie tylko umieścił w legendzie, ale i kazał przyozdobić stosownym napisem. Dzięki temu, nieznane dotąd posągi uzyskały europejską sławę. Ich wizerunki zaczęto umieszczać na filiżankach i fajeczkach nalepszych fabryk porcelany.

Bartoszyczanie również uwierzyli w te legendy, wymyślone przez hrabiego i przez długi czas, kościół parafialny nazywano kościołem Świętego Bartłomieja. Natomiast poza Bartoszycami sława legend, autorstwa zu Anhalta trwała krótko, gdyż szybko odkryto mistyfikację. Jednak okres ich popularności pozwolił na zgromadzenie sporych pieniędzy na budowę nowej szkoły. Jego aktywność w gromadzeniu funduszy na budowę, a potem wyposażenie obiektu była imponująca. Hrabia zu Anholt dotarł również do biskupa Ignacego Krasickiego i społeczności pobliskiego Lidzbarka, którzy wsparli swoimi datkami szkołę.

W roku 1771 budowla została oddana do użytku, dano jej nazwę Wielka Szkoła w Bartoszycach. Były w niej 4 sale do nauki, gabinet przyrodniczy, mieszkania dla nauczycieli, biblioteka, o wyposażenie której zadbał przedsiębiorczy generał-major zu Anholt. Za jego przyczyną biblioteka w roku 1775 liczyła 1500 woluminów, które zniszczeniu uległy dopiero w 1945 roku.

Jednak sam hrabia Fryderyk zu Anholt nie mógł cieszyć się radością z dokonanego dzieła budowy nowej szkoły dla Bartoszyc, gdyż wydała się sprawa mistyfikacji z kamiennymi babami i hrabia musiał uchodzić z Bartoszyc i z Prus. Schronił się na dworze carycy Katarzyny II, jednak i tam nie zaznał spokoju, bo krótko cieszył się łaskami carycy.

Dyrektorem nowo wybudowanej szkoły został absolwent Królewieckiej Albertiny, Fryderyk Kruska, Mazur, pochodzący spod Giżycka.

Szkoła, w prawie niezmienionym kształcie, przetrwała do początku XIX wieku. Dopiero na przełomie lat 50 i 60 XIX wieku dobudowano salę gimnastyczną i budynek mieszkalny oraz rozbudowano zasadniczy korpus szkoły i w takiej formie obiekty przetrwały do dzisiaj.